Qui est le rat pygmée de rizière à longue queue, vecteur du hantavirus Andes ?

Le rat pygmée de rizière à longue queue, Oligoryzomys longicaudatus, est un réservoir naturel du hantavirus. Et en particulier de la souche Andes, soupçonnée d’être responsable du décès de plusieurs passagers d’un bateau de croisière. Ce rongeur endémique d’Amérique du Sud est longtemps resté mal connu, mais les études d’écologie menée depuis 1995, date du premier cas d’infection humaine à hantavirus, permettent de tracer son portrait-robot et les conditions qui favorisent sa transmission à l’humain.

Le rat pygmée de rizière à longue queue Oligoryzomys longicaudatus est exclusivement sud-américain. Il vit en Argentine et au Chili et peut transmettre aux humains le hantavirus Andes (ANDV), transmissible d’humain à humain, en cas d’inhalation d’aérosols de ses urines, de ses fèces ou de ses sécrétions. Il est le principal réservoir animal de ce virus propulsé sur les devants de la scène depuis la mort de plusieurs passagers du bateau de croisière Hondius.

Sa description originale date de 1832. Le naturaliste britannique Edward Turner Bennett le dépeint, depuis la région de Valparaiso au Chili, comme ayant une longue queue écailleuse à poils courts, une fourrure douce brun-jaune sur le dessus, des lèvres blanches, une longue moustache noire et argent et des oreilles rondes. À cette époque, il en fait une espèce de souris (Mus longicaudatus).

Ce n’est qu’en 1894 qu’il sera finalement intégré dans le genre Oryzomys puis en 1900 sous le genre Oligoryzomys par l’ornithologue états-unien Outram Bangs. Malgré son nom, l’animal n’est ni particulièrement petit (ce que laisse supposer le préfixe oligo), ni résident des rizières (comme le signifie pourtant l’étymologie d’oryzomys).

Connu depuis 1995, date de la découverte du premier cas d’infection humaine à hantavirus, le hantavirus Andes est un problème de santé publique récurrent au Chili et en Argentine, ce qui a suscité plusieurs études d’écologie sur ce rongeur resté jusqu’à présent mal connu. Celles-ci livrent quelques clés pour comprendre ce qui favorise la circulation du virus chez le rongeur et sa transmission à l’humain.

Le « colilargo », un rongeur tout terrain et opportuniste
Au Chili, on le surnomme « raton colilargo » (rat à longue queue). Il fait partie de la famille des Cricetidae qui comprend les hamsters, les campagnols, les lemmings ainsi que les rats et les souris du « Nouveau Monde ». C’est la deuxième famille la plus diversifiée des rongeurs après celle des Muridae (rats et souris d’Europe).

Au sein des Cricétidés, le genre Oligoryzomys appartient au groupe (tribu) des Oryzomyini, qui comprend 141 espèces de rongeurs distribués en Amérique du Nord et du Sud. Le genre Oligoryzomys se rencontre exclusivement en Amérique centrale et australe, du Mexique à la Patagonie. Le nombre d’espèces connues est passé de 21 espèces en 2017 à 25 à l’heure actuelle.

Une espèce voisine a d’ailleurs été décrite en 2021 et une autre en 2024, ce qui n’a toutefois pas changé le statut du rat pygmée des rizières à longue queue. Ce dernier reste décrit comme génétiquement homogène sur toute son aire de distribution.

Malgré son nom, il s’agit de la plus grande espèce du genre. En effet, le corps d’un rat pygmée des rizières à longue queue adulte peut mesurer de 9  cm à 12 cm, auxquels il faut ajouter une queue de 11 cm à 13 cm pour un poids variant de 33 g à 50 g. C’est plus que la souris domestique (de 15 g à 20 g) mais moins que le rat brun de nos villes européennes (de 100 g à 500 g).

Sa dénomination est même doublement trompeuse, car il ne vit pas dans les rizières, mais fréquente les forêts tempérées patagoniennes de Nothofagus (arbre à feuilles caduques ou pérennes pouvant atteindre 30 m de hauteur, encore appelé « faux-hêtre » ou « hêtre austral », présent dans l’hémisphère Sud) et de bambous, où il est le rongeur le plus abondant.

Cependant, il semble également capable de vivre dans les steppes herbeuses à buissons des toundras de Patagonie ainsi que dans les bordures de champs cultivés et les pâtures, buissons des zones péridomestiques en Argentine. Il n’a jamais été capturé dans les maisons. Il peut vivre du niveau de la mer jusqu’à 2 000 m d’altitude, mais n’est jamais loin d’un cours d’eau car il ne peut s’en passer.

L’écologie de ce rongeur a été étudiée dans les années 1980 par Oliver Pearson, mais depuis la découverte en 1995 du hantavirus Andes dont ce rat est porteur, les études se sont multipliées. On sait que ce rongeur est nocturne et terrestre, mais il peut parfois grimper jusqu’à 3 m de haut dans les arbres. C’est un opportuniste qui a été décrit comme omnivore avec un régime alimentaire présentant souvent une dominance de graines, de fleurs ou de fruits. Il consomme cependant aussi, de manière variable, de l’herbe, des insectes, des vers ou des champignons.

Des périodes de prolifération appelées « ratadas » lors de la floraison des bambous
On lui connaît des augmentations brutales de population liées à la floraison cyclique synchronisée, tous les douze à quatorze ans, de bambous dont il consomme les graines. Ces épisodes se produisent également après des épisodes de grande pluviosité et des étés chauds, en lien avec le phénomène climatique d’El Niño.

Ces augmentations de population sont appelées « ratadas » par les populations locales. Lors de ces épisodes, on peut dénombrer jusqu’à 100 individus par hectare, contre 5,7 individus par hectare en moyenne en temps normal.

Au contraire, lors d’épisodes de sécheresse (favorisés notamment par des épisodes climatiques de La Niña), ses populations peuvent disparaître localement ou subsister dans les buissons de bords de rivière, car l’espèce ne résiste pas à la privation d’eau.

La durée de vie du rat pygmée de rizière à longue queue a été estimée à un an à l’état sauvage. La reproduction de ce rongeur peut avoir lieu toute l’année quand les conditions sont favorables, mais on observe un pic de naissances au printemps et en été. Les femelles peuvent avoir entre cinq et sept petits en moyenne, après une gestation de vingt-trois jours, et ce, trois ou quatre fois par an.

La compétition entre mâles responsable de la circulation du virus
En Argentine, les femelles ont des territoires variant de 200 à 3 400 mètres carrés (m²), alors que ceux des mâles, plus grands en moyenne, peuvent couvrir jusqu’à 9 000 m².

Lorsque la population augmente, la compétition entre les mâles pour l’accès aux femelles augmente elle aussi. Une étude a montré que 40 % des mâles seulement arrivaient à s’accoupler. Les territoires des mâles ne se recoupent pas, et de nombreux mâles portent des cicatrices et des blessures témoignant de combats violents entre eux, surtout lorsque les densités de population sont élevées.

Ce serait cette compétition entre mâles qui serait responsable du maintien du hantavirus Andes dans la population de rats, car ces derniers s’infecteraient lors du toilettage et par les morsures. En outre, les mâles non reproducteurs se dispersent pour gagner des territoires plus éloignés.

Au Chili, une étude virologique a montré que 8 % des rongeurs sont positifs au hantavirus Andes, avec un maximum en hiver et au printemps. Elle a également conclu que les rongeurs mâles avec des cicatrices étaient dix fois plus infectés que les autres mâles et que les femelles adultes, ce qui rejoint les résultats des autres recherches sur le rongeur menées en Argentine.

Toutes ces caractéristiques particulières font du rat pygmée de rizière à longue queue un modèle pour la connaissance de la transmission du virus des Andes à l’être humain. On sait que le contact avec les aérosols d’urine de fèces ou des sécrétions de mucus sont en cause.

En Argentine, des cas de hantavirus corrélés avec les épisodes de pullulation du rongeur
La transmission interhumaine spécifique à ce virus est un peu moins bien connue. Les fermiers et les forestiers ont été identifiés comme groupes à risque. Il a été montré que, dans les forêts de pin plantées par l’être humain, certains rongeurs rencontrés étaient positifs au virus, mais en moindre quantité que dans les forêts natives. La probabilité de trouver un rongeur positif au virus est ainsi deux fois supérieure dans les zones péridomestiques (greniers, jardins potagers, poulaillers, étables en planches, briques, ciment…) que dans la pinède voisine.

Dans la région de Buenos Aires, en Argentine, l’étude de la distribution des cas de syndrome respiratoire pulmonaire provoqué par le virus chez l’humain (syndrome pulmonaire à hantavirus, ou HPS de son acronyme anglais) entre 1998 et 2001 a montré une forte saisonnalité et surtout une corrélation avec les conditions écologiques. Les périodes de pullulation du rongeur pourraient ainsi favoriser les contacts avec l’être humain et la transmission interespèce du virus.

Présent en Argentine et au Chili depuis le Pléistocène (soit il y a environ deux millions d’années), le rat pygmée de rizière à longue queue a coévolué avec les forêts natives d’Amérique du Sud et le cortège des autres rongeurs qui en sont endémiques. Il faut d’ailleurs noter que le rongeur ne fait ici que s’adapter aux changements climatiques causés par l’humain, de la transformation des paysages à la fragmentation des forêts.

Mais l’augmentation du tourisme, de la fréquence des feux de forêt, des évènements El Niño ou La Niña et leurs conséquences sur la faune et la flore du bétail en pâture ou encore des interactions avec les espèces invasives sont autant d’inconnues pour l’avenir. Et cela, aussi bien pour le futur de cette espèce que pour la souche de hantavirus transmissible à l’humain qu’elle héberge.

Source : https://theconversation.com/