Agroscope abrite un trésor: des collections uniques de micro-organismes. Des champignons aux microalgues, en passant par les bactéries des cultures fromagères, ces ressources sont essentielles pour faire avancer la recherche en faveur d’une agriculture plus durable.
Les microorganismes sont des acteurs cruciaux dans tous les écosystèmes. Ils occupent également une place centrale dans de nombreuses thématiques de recherche d’Agroscope. En agriculture, par exemple, ils sont essentiels à la qualité des sols, à la santé des cultures et à leur productivité. Ils sont par ailleurs activement utilisés dans des processus comme le compostage, la production de biogaz ou encore la lutte biologique. Dans l’industrie alimentaire, les micro-organismes sont à l’origine de nombreux produits que nous consommons au quotidien: yaourt, fromage, vin, bière, kimchi ou encore chocolat, pour ne citer que quelques exemples.
Champignons, algues et compagnie: les collections de micro-organismes d’Agroscope
Au sein d’Agroscope, plusieurs collections ont été constituées au fil de décennies de recherches, regroupant une grande diversité de micro-organismes issus d’environnements variés. En voici quelques exemples:
– Depuis plus de cinquante ans, le groupe de mycologie a construit et entretenu une vaste collection de champignons: Mycoscope. Aujourd’hui, elle compte près de 4400 souches. Elle est utilisée pour la découverte de nouveaux composés chimiques naturels tels que des fongicides, des médicaments, des arômes et des colorants, ainsi que pour le développement de stratégies de lutte biologique contre les pathogènes des plantes.
– La collection de microalgues AlgoScope est une jeune collection. Elle a vu le jour en 2022 dans le cadre du projet Algafeed qui vise à développer des protéines alternatives au soja pour l’alimentation animale à partir de microalgues indigènes. Les souches les plus intéressantes de la collection sont intégrées dans des processus de développement d’aliments pour animaux ou humains, et d’autres domaines pourraient être explorés à l’avenir: bioremédiation, biocarburants, biocides naturels ou encore aide à la croissance des plantes.
– Dans le cadre des travaux sur les microorganismes du lait et des produits laitiers, une collection de micro-organismes des denrées alimentaires fermentés a également vu le jour au sein d’Agroscope. Elle contient essentiellement des bactéries isolées de produits laitiers fermentés. S’y ajoutent des isolats d’autres denrées alimentaires fermentées (comme la viande ou des produits végétaux fermentés), une collection de bactériophages, une collection de levures de la vigne, ainsi que des souches de référence provenant de collections internationales. Les souches de cette collection ont des applications très diverses en recherche. Par ailleurs, les cultures fromagères qui font le succès de nombreuses fromageries suisses contiennent des isolats provenant de la collection.
Une ressource essentielle pour la recherche actuelle et future
Les exemples ci-dessus ne représentent qu’un aperçu des vastes ressources d’Agroscope. Parmi les autres collections notables figurent les champignons entomopathogènes, essentiels à la recherche en lutte biologique contre les insectes nuisibles aux cultures ainsi que les collections de bactéries pathogènes de l’abeille mellifère et de l’homme incluant des souches résistantes aux antibiotiques. Tout aussi remarquables, la collection des champignons phytopathogènes, responsables de maladies des cultures, ainsi que celles des virus et bactéries phytopathogènes. Enfin, Agroscope dispose également d’une collection de micro-organismes du sol, précieuse pour l’étude de la santé des sols et de leur biodiversité.
Agroscope a rapidement perçu la valeur de ces collections pour ses activités et a soutenu le travail considérable à leur origine, notamment en les mettant en réseau afin de favoriser la collaboration scientifique. Pour la collection de champignons, la base de données interactive www.mycoscope.ch, permet aux chercheurs d’exploiter ces précieuses ressources.
Ces collections offrent à la recherche scientifique un accès unique à la biodiversité microbienne – une biodiversité menacée tout comme celle du règne animal et végétal en raison des changements environnementaux. Elles constituent à la fois un précieux héritage du passé de la biodiversité microbienne suisse et une ressource inestimable pour les recherches actuelles et futures, ouvrant la voie à de nouveaux produits et applications.
Dans sa dernière publication, Agroscope propose un voyage au cœur de ses collections de micro-organismes, véritables trésors de la biodiversité invisible.
Source : https://www.agroscope.admin.ch/