Dans des échantillons de sol prélevés à une vingtaine de mètres de profondeur aux États-Unis et en Chine, des scientifiques ont découvert le « phylum CSP1-3 », une catégorie primaire de microbes complètement différents de ceux que l’on connaît (université d’État du Michigan).
Telle la « peau » de notre planète, la « zone critique » désigne la pellicule superficielle de la Terre, depuis la roche altérée jusqu’à la canopée des arbres (Observatoire Midi-Pyrénées). Sa partie la plus interne est évidemment le sol. Et il y a là bien plus à voir qu’on ne l’imagine…
Si l’hexagone possède majoritairement des sols très profonds (plus d’un mètre d’épaisseur) et profonds (50 à 100 cm) (Rapport sur l’état des sols de France), dans d’autres régions du monde, il faut en revanche s’enfoncer de 200 mètres avant de se heurter à la roche !
À quoi peuvent bien ressembler les organismes qui peuplent ces milieux enfouis ? James Tiedje, microbiologiste à l’université d’État du Michigan (communiqué) et son équipe ont publié en mars dans la revue PNAS une étude fascinante sur cette « nouvelle frontière » de la recherche (W. Feng et al., 2025).
Le sol profond, une boîte noire
La zone critique « régule des processus essentiels tels que la formation des sols, le cycle de l’eau et le cycle des nutriments, vitaux pour la production alimentaire, la qualité de l’eau et la santé de l’écosystème », souligne-t-il. Or, la partie la plus profonde de celle-ci demeure une véritable boîte noire.
Le scientifique et ses collègues y ont découvert le « phylum CSP1-3 », une catégorie primaire de microbes complètement différents de ceux que l’on connaît.
Identifié dans des échantillons de sol prélevés à une vingtaine de mètres sous le plancher des vaches dans l’Iowa (Midwest des États-Unis) et en Chine, il se pourrait que ce type d’organisme soit présent ailleurs dans le monde, ce qui reste à vérifier.
Des microbes actifs qui filtrent l’eau
L’équipe a extrait l’ADN présent dans ces sols profonds et a découvert que les ancêtres de CSP1-3 vivaient probablement dans l’eau (sources chaudes et eau douce) il y a plusieurs millions d’années, relate le communiqué. Ces microbes ont donc subi au moins une « transition majeure » de l’habitat pour coloniser les environnements du sol – d’abord l’humus et, plus tard, les sols profonds.
« La plupart des gens pensent que ces organismes sont comme des spores ou qu’ils sont dormants », remarque James Tiedje. « Mais l’une des principales conclusions que nous avons tirées de l’examen de leur ADN est que ces microbes sont actifs et qu’ils se développent lentement », détrompe-t-il.
Il faut savoir que le sol fonctionne comme le plus grand « filtre à eau » de notre planète. Lorsque l’eau traverse cette couche, elle est « nettoyée » à la fois par des processus physiques, chimiques et biologiques. Les CSP1-3, dans ce processus, semblent être « les ‘charognards’ qui nettoient ce qui a traversé la couche superficielle du sol », explique le chercheur américain.
L’équipe devra désormais tenter de cultiver certains de ces microbes en laboratoire afin d’en savoir plus sur leur « physiologie unique ». Une gageure, quand on sait à quel point il est difficile de recréer les conditions dans lesquelles ces organismes vivent et se développent…
Source : https://www.geo.fr/